-Trilogia di Unicron
Il Cartone:
Armada:
Mentre nella linea di giocattoli, secondo la sua bio, Thundercracker dovrebbe un personaggio a se', nel cartone animato di Armada, è semplicemente una versione potenziata e con nuovi colori di Starscream
Cybertron:
Thundercracker è un
Decepticon inviato sulla
Terra all'inseguimento degli
Autobot, che abbandonano
Cybertron per sfuggire al buco nero generato dalla dipartita di
Unicron. Dopo aver assunto le fattezze di un caccia terrestre, Thundercracker incappa in un malconcio
Landmine e tenta di eliminarlo, ma il resto degli Autobot giunge in soccorso del compagno e lo salva.
Thundercracker comunque fugge e fa rapporto al proprio leader
Megatron, che decide di accantonare momentaneamente la ricerca dell'
Omega Lock contenente il potere di
Primus per finire i nemici di sempre.
Gli Autobot frattanto scoprono tracce di civiltà Cybertroniana sulla Terra, contenenti indizi sull'ubicazione dell'Omega Lock;
Starscream e Thundercracker si scontrano con loro più volte, nel tentativo di ostacolarli e carpire qualsiasi informazione utile.
Dopo aver affidato il recupero di una delle
Planet Key necessarie ad aprire l'Omega Lock ad alcune reclute, Megatron si riunisce ai sottoposti sulla Terra per sottrarre agli Autobot quello che sembra essere l'Omega Lock, ma si rivela poi una copia; Megatron e Starscream decidono allora di passare alla successiva Planet Key su
Jungle Planet, lasciando Thundercracker a osservare i nemici.
Questi li sorprende mentre tentano di aprire a loro volta un portale verso la nuova destinazione, lasciando fuggire oltre di esso un solo avversario; gli altri Autobot, prima di poter raggiungere il compagno, devono esplorare il fondo dell'oceano, dove è stata rinvenuta un'antica nave spaziale Cybertroniana. Thundercracker, venutone a conoscenza, si affretta ad avvertire Megatron, che fa immediatamente ritorno sulla Terra convinto che l'Omega Lock possa trovarsi a bordo: in effetti le cose stanno proprio così, sfortunatamente però viene anticipato dagli Autobot e finisce per essere coinvolto nell'esplosione del vascello.
Danneggiato e temporaneamente fuori gioco, Megatron affida a Starscream il compito di continuare la ricerca, ma questi ne approfitta invece per instaurare una propria base di potere e, insieme a Thundercracker, recluta
Mudflap, un Autobot scontento dell'esilio forzato sulla Terra.
Non appena Megatron si riprende, il campo di battaglia si sposta su Jungle Planet, dove finalmente si reca anche Thundercracker, in modo da aiutare i compagni dapprima a impedire un duello fra il leader Autobot e
Scourge, possessore della Planet Key, poi, dopo l'ennesimo fallimento, per tentare di rubare il manufatto appena conquistato dal nemico.
Successivamente Starscream tende una trappola a Megatron, sigillandolo in una barriera insieme a Thundercracker e al resto dei sottoposti a lui fedeli; vengono liberati qualche tempo dopo da Scourge, in tempo per assistere all'ascesa al potere del traditore, che si è impossessato dell'Omega Lock e di ben tre Planet Key, divenendo enorme e potentissimo tramite l'assorbimento di una scheggia del potere di Primus.
Megatron lascia agli Autobot l'onere di abbattere Starscream, preferendo seguire il gruppo che sta portando l'Omega Lock a Cybertron. Purtroppo il
Ponte Spaziale che collega il pianeta alla Terra è danneggiato, e Thundercracker finisce alla deriva nello spazio; ne riemergerà solo qualche tempo dopo, in seguito all'apparente dipartita del suo leader per mano degli Autobot.
Scourge prende così il comando nonostante le obiezioni di Thundercracker, che è il membro più anziano del gruppo, e ordina un nuovo attacco a Cybertron per vendicare Megatron. La sua leadership è però di breve durata, in quanto lo storico capo dei Decepticon ricompare all'improvviso e riorganizza i suoi guerrieri, guidandoli nuovamente alla conquista dell'Omega Lock. Ancora una volta però il tentativo va a vuoto, e i Decepticon decidono di intraprendere la ricerca dell'ultima Planet Key su
Gigantion.
Una volta a destinazione Megatron riceve una sonora sconfitta dall'alleanza fra gli Autobot e alcuni indigeni, portando la sua armatura a interagire con la Planet Key nascosta e trasformarlo nel potentissimo
Galvatron. Sia Decepticon che Autobot tentano di recuperare per primi l'oggetto sepolto nelle viscere del pianeta, e nel corso della ricerca Thundercracker affronta
Jetfire in un feroce duello, che termina in un pareggio; purtroppo per il Decepticon, i compagni dell'avversario giungono in suo soccorso, e si ritrova così sepolto sotto una montagna di cemento da
Quickmix.
Gli Autobot riescono infine a impossessarsi dell'ultima Planet Key, ma Galvatron gliela sottrae insieme all'Omega Lock finalmente completo. Successivamente fa ritorno a Cybertron, potenziando la forza d'attrazione del buco nero per consumare l'universo e rimodellarlo a sua immagine; viene però contrastato da un'alleanza di
Transformer provenienti da tutti i pianeti visitati finora, costringendolo a usare l'Omega Lock per potenziare e ingigantire Thudercracker e gli altri Decepticon ancora fedeli perché li affrontino: nonostante tutto essi hanno comunque la peggio, e Galvatron è costretto a cedere il prezioso artefatto.
Il buco nero viene finalmente chiuso dal potere di Primus, tuttavia Jungle Planet è stato spostato dalla sua orbita. Gli Autobot costruiscono allora dei motori planetari per rimetterlo a posto, ma l'interferenza di Galvatron rischia di portare a una catastrofe; inaspettatamente Thundercracker e gli altri Decepticon compaiono nel momento più critico, aiutando i nemici di un tempo a salvare il pianeta.
Thundercracker e gli altri si ritrovano così per qualche tempo a lavorare fianco a fianco con gli Autobot, nel tentativo di costruire un enorme Ponte Spaziale che colleghi i vari pianeti abitati dai Transformer. Prima che il progetto venga ultimato, Thundercracker viene però “rapito” dagli altri ex Decepticon e fatto salire su un'astronave improvvisata, nel tentativo di rifondare il loro esercito: purtroppo l'avventura del gruppo si conclude su
Marte, dove l'astronave si schianta senza però fare alcuna vittima.
Il giocattolo:
Armada Thundercracker Max-con
Cybertron Thundercracker Deluxe
Cybertron Thundercracker Legends 
